Το Συνέδριο είναι το ανώτατο και κυρίαρχο όργανο της Ομοσπονδίας.
Τα Συνέδρια της Ομοσπονδίας διακρίνονται σε: α) Τακτικά και β) Έκτακτα
Τα Συνέδρια είναι: α) Απολογιστικά και β) Εκλογοαπολογιστικά.
Το συνέδριο συγκροτείται από τους εκάστοτε εκλεγμένους αντιπροσώπους των Συλλόγων ή Ενώσεων-μελών της Ομοσπονδίας που έχουν εκπληρώσει τις οικονομικές υποχρεώσεις τους προς αυτή και πραγματοποιείται δημοσίως.
Τόπος διεξαγωγής του Συνεδρίου είναι η έδρα της Π.Ο.Ε – Υ.ΠΑΙ.ΘΑ. Μπορεί όμως το Διοικητικό Συμβούλιο να ορίζει και άλλο τόπο που θα πραγματοποιηθεί το Συνέδριο.
Οι αντιπρόσωποι των Συλλόγων – Μελών της Ομοσπονδίας για το Συνέδριο, τακτικοί και αναπληρωματικοί, εκλέγονται από τις γενικές συνελεύσεις των μελών της, σύμφωνα με το νόμο και τα καταστατικά αυτών, με μυστική ψηφοφορία με βάση τον αριθμό των μελών του Συλλόγου ή Ένωσης που ψήφισαν και με πάγιο εκλογικό μέτρο τον αριθμό 25. Αν μετά τη διαίρεση του αριθμού των ψηφισάντων δια 25 απομένει υπόλοιπο ψήφων δέκα τρία (13) και άνω, τότε εκλέγεται ένας ακόμα αντιπρόσωπος. Αν στις αρχαιρεσίες συλλόγου-μέλους ψήφισαν λιγότεροι του εκλογικού μέτρου τότε εκλέγεται ένας (1) αντιπρόσωπος. Αποκλείεται η με οιονδήποτε τρόπο εξουσιοδότηση συμμετοχής στο Συνέδριο της Π.Ο.Ε.-Υ.ΠΑΙ.ΘΑ.
Η θητεία των αντιπροσώπων παρακολουθεί τη θητεία των οργάνων της διοίκησης της Π.Ο.Ε.- Υ.ΠΑΙ.ΘΑ.
Κάθε σύλλογος ή ένωση μέλος υποβάλει στην Π.Ο.Ε. Υ.ΠΑΙ.ΘΑ. μετά από κάθε εκλογή αντιπροσώπων για Ομοσπονδία επίσημα πρακτικά της εκλογής των αντιπροσώπων, βεβαίωση δικαστικού αντιπροσώπου, ονομαστική κατάσταση ψηφισάντων, αντίγραφο μητρώου θεωρημένο ή οτιδήποτε άλλο αποφασίσει η Διοίκηση να ζητήσει. Αν υπάρχουν ελλείψεις, αμφιβολία ή αντιρρήσεις, η Διοίκηση της Π.Ο.Ε. ΥΠΑΙΘΑ ειδοποιεί το Σύλλογο ή την ένωση-μέλος, είκοσι (20) ημέρες πριν από το συνέδριο για να συμπληρώσει τα στοιχεία και να δώσει διευκρινήσεις. Οι αντιπρόσωποι των Συλλόγων-Μελών των οποίων οι Σύλλογοι δεν είναι ταμειακώς τακτοποιημένοι προς την Ομοσπονδία δεν έχουν δικαίωμα ψήφου και δεν περιλαμβάνονται στην κατάσταση των αντιπροσώπων που συντάσσεται πριν από το Συνέδριο αλλά και δεν δικαιούνται να συμμετέχουν στη συζήτηση.
Οι αντιπρόσωποι των Συλλόγων-Μελών της Ομοσπονδίας που δεν πειθαρχούν στις διατάξεις του καταστατικού ή προβαίνουν σε ενέργειες και πράξεις αντίθετες µε τους σκοπούς της Ομοσπονδίας και τις αποφάσεις του Δ.Σ. και του Συνεδρίου αντικαθίστανται από τους Συλλόγους τους. Τα ονοματεπώνυμα των αντιπροσώπων των Συλλόγων-Μελών της Π.Ο.Ε - ΥΠΑΙΘΑ καταχωρούνται στο μητρώο τακτικών και αναπληρωματικών µελών της Ομοσπονδίας και εκπίπτουν αυτοδικαίως αν ο Σύλλογός τους στερηθεί του δικαιώματος συμμετοχής στην Π.Ο.Ε – Υ.ΠΑΙ.ΘΑ.